近年来，牟定县加强河湖生态综合治理，加大乱采、乱占、乱堆、乱建整治，持续推进河湖“清四乱”常态化规范化。
该县认真落实中央、省、州全面推行河湖长制工作要求，健全分段分级河长湖长，依法划定河湖管理保护范围，常态化推进河湖“清四乱”专项治理行动，持续加大河湖生态综合治理力度，全力构建水清、岸绿、河畅、景美的水生态环境。县—乡（镇）—村（社区）设置三级河湖长，县委书记担任县级总河长，县长担任副总河长，县委副书记担任总督察，县人大常委会主任、县政协主席担任副总督查，14名县处级领导分别担任15条河流、15座水库、6条输水沟渠、3个景观水体河湖长，83名乡镇主要领导、152名村（社区）总支书记分别担任62个河段、15个小（一）型水库、3个景观水体河段长，配备河道巡查员98名，形成了县级领导带头、层层落实责任、常态巡查管理的工作格局。及时更新乡村公示牌，在县、乡、村河长公示牌全覆盖的基础上，根据各级河长信息及监督电话的变化，建立公示更新台账，及时更新公示牌，保证公示牌起到实效性作用。
严格按照《省水利厅、州水务局河道管理范围划定工作方案》《云南省河湖管理范围划定工作要求》，依法划定河湖管护范围。划定县辖区1000平方公里以上河流1条60公里、1000平方公里以下河流12条242.6公里、中型水库3件、小（一）型水库15件、小（二）型水库91件、重点输水沟渠6件、景观水体3件为河湖管理保护范围。
强化县级河长随机巡河督导，强化日常巡河排查隐患、发现问题，建立问题清单、责任清单、整改清单，全面压实各级河长责任和属地责任。定期组织开展河湖清理整治，及时整治垃圾淤积、行洪不畅、违规占用等突出问题。2018年以来，全县共清理河道长度60公里，15条主要河流做到了全面清理无死角、水面河岸无垃圾。
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